Во время Великой Отечественной войны Тимофеев был главным психиатром Красной армии. Именно Тимофеев занимался созданием системы медицинской психиатрической помощи на фронте и в тылу, практическим лечением, а также написанием бесконечных методичек и инструкций.
Должность главного военного психиатра Тимофеев сохранит до 1968 года, а еще будет заведовать кафедрой в Военно-медицинской академии, работать замдиректора в НИИ психоневрологии им. В. М. Бехтерева, активно консультировать и лечить. Это было очень высокое и опасное положение, которое стало еще более сложным, когда начиная с 1950–1960-х Тимофеева стали привлекать к экспертизам по поводу психического состояния диссидентов. Некоторые из них говорят, что он им очень помог, другие, наоборот, считают, что имя Тимофеева надо вписать в историю советской карательной психиатрии.
Приходилось балансировать, и, очевидно, именно с этим связано то, что свою коллекцию живописи Тимофеев не афишировал, если даже не сказать — скрывал, в «тусовках» ленинградских коллекционеров не участвовал. Искусство его интересовало — он и сам немного рисовал, но, самое главное, активно использовал арт-терапию в своей врачебной деятельности.